V případě mimořádných situacích koordinuje činnost havarijní služby statutárního města Olomouce. V krizových situacích zajišťuje činnost krizového štábu města.
V době nepříznivých hydrologických podmínek provádí monitoring a upřesňuje prognózy dle hydrometeorologických předpovědí, analyzuje vzniklé události a zajišťuje činnost povodňových komisí statutárního města a obce s rozšířenou působností Olomouc. Podílí se na informovanosti obyvatel, orgánů města a členů komisí.

Na území města zabezpečuje pracoviště odboru ochrany činnost a evidenci jednotek sboru dobrovolných hasičů, včetně komplexní personální, technické a materiálové vybavenosti. Dále provádí kontrolní požární činnost u subjektů města a zajišťuje plnění úkolů v souvislosti s bezpečností a ochranou zdraví při práci.

Odbor ochrany spolupracuje se složkami integrovaného záchranného systému a dalšími orgány státní správy. Vyjadřuje se ve stavebním a územním řízení v záplavovém území a uplatňuje požadavky ochrany obyvatelstva. Obcím správního obvodu zajišťuje metodickou pomoc v problematice krizového řízení, havarijního plánování a protipovodňové ochrany. Nedílnou součástí je účast na cvičeních a odborné přípravě hasičů města.

Podílí se na varování a vyrozumění osob nacházejících se na ohrožených územích města - v současné době modernizuje varovný a informační systém města Olomouce a zabezpečuje skladování, evidenci a ošetřování materiálu využitelných v případě vzniku mimořádných událostí a krizových situací.

Odbor ochrany poskytuje s ohledem na celospolečenský přínos v oblasti ochrany obyvatel možnost získání dotace z rozpočtu statutárního města Olomouce v dotačním programu Ochrana obyvatel.