Dále odbor zajišťuje u Magistrátu města Olomouce a Městské policie Olomouc nezávislé a objektivní přezkoumávání a vyhodnocování operací a vnitřního kontrolního systému, vyhodnocuje, zda jsou dodržovány právní předpisy a rozpoznána případná rizika a zda zavedený vnitřní kontrolní systém je dostatečně účinný a reaguje včas na změny ekonomických, právních a provozních podmínek a také předkládá doporučení ke zdokonalení kvality kontrolního systému. Odbor vede centrální evidenci kopií protokolů ze všech kontrol realizovaných na úřadu ze strany nadřízených, dozorových a kontrolních orgánů.

Odbor interního auditu a kontroly zajišťuje v rámci přenesené působnosti výkon pravomocí registračního úřadu ve volbách do zastupitelstev obcí a do Senátu Parlamentu ČR.