Dále veřejnosprávní kontrolu finančních podpor poskytovaných žadatelům a příjemcům z rozpočtu SMOl, s cílem zajištění ochrany veřejných prostředků proti rizikům a nesrovnalostem způsobeným zejména porušením právních předpisů, nehospodárným, neúčelným a neefektivním nakládáním s veřejnými prostředky nebo trestnou činností, s důrazem na prevenci a odstraňování zjištěných nedostatků, přijímání opatření a jejich plnění.

Odbor vede centrální evidenci kopií protokolů ze všech kontrol realizovaných na MMOl ze strany nadřízených, dozorových a kontrolních orgánů.