Nedílnou součástí agendy odboru, je i povodňová problematika a prevence závažných havárií.

V případě mimořádných situacích koordinuje činnost havarijní služby statutárního města Olomouce. V krizových situacích zajišťuje činnost krizového štábu města.
V době nepříznivých hydrologických podmínek provádí monitoring a upřesňuje prognózy dle hydrometeorologických předpovědí, analyzuje vzniklé události a zajišťuje činnost povodňových komisí statutárního města a obce s rozšířenou působností Olomouc. Podílí se na informovanosti obyvatel, orgánů města a členů komisí.

Na území města zabezpečuje pracoviště odboru ochrany činnost a evidenci jednotek sboru dobrovolných hasičů, včetně komplexní personální, technické a materiálové vybavenosti. Dále provádí kontrolní požární činnost u subjektů města a zajišťuje plnění úkolů v souvislosti s bezpečností a ochranou zdraví při práci.

Odbor ochrany spolupracuje se složkami integrovaného záchranného systému a dalšími orgány státní správy. Nedílnou součástí je účast na cvičeních a odborné přípravě hasičů města. Obcím správního obvodu zajišťuje metodickou pomoc v problematice krizového řízení, havarijního plánování a protipovodňové ochrany.